“母巢之戰”顧名思義就是人類為了保衛自己的地球母親而進行的正義之戰。
公元4000年，“SXZ”星球上的獸族統帥——宏霸大雷將軍發動了大規模侵略宇宙和平組織的戰爭。宇宙和平組織是宇宙所有愛好和平的生物組建的聯合體，在它的總部，有各個星球派來的軍隊，稱為“和平聯軍”，擔負著保衛宇宙和平組織總部和各成員星球安全的神聖使命。而獸族首領瞧不起我們的和平組織，想獨霸整個宇宙，我們已經派了很多個機器人去警告它們，可派去的機器人一個也沒回來。於是宇宙大戰暴發了。
我們人類調遣了地球上的所有軍隊前往SXZ星球消滅獸族，英勇的“和平聯軍”傾巢出動，可沒想到的是，這正中敵人詭計，我們剛一出動，他們便佔領了地球，但它們並沒有殺死一個人類，似乎醞釀著一個更加邪惡的計劃。
我們無家可歸，只好暫時駐紮在宇宙和平組織所在的巨型機械島嶼上，和平組織的神號官是SFG星球的一位聰明絕頂的“人”，他有一個大腦、五十隻觸手。他想了想說：“我知道獸族統帥有什麼目的了，它佔領地球是為了將地球的能源作為它們的食物，好讓自己變得更強大，成為變種的獸族；沒有殺害地球同胞，是想在它們還沒變得更強大前用地球同胞當肉盾！”“那可怎麼辦啊？”我焦慮的問。凱站起來，怒氣沖沖的說：“請給我一隻軍隊，我去消滅那些蟲子！”“坐下！”神號官吼道：“你以為你這麼做是在幫我們嗎？如果你發動進攻，敵人就會殺死地球同胞，他們是無辜的，你知道嗎？”“那現在怎麼辦？”凱問。“沒辦法，我們只有坐以待斃！”傑克說。“是啊，在沒想出對策之前只有這樣。”神號官沮喪地說，“這麼多地球同胞危在旦夕，我們卻無能為力，我真沒用！”“這不是你的錯，神號官先生！”我說。就這樣，獸族的瘋狂計劃跨出了第一步。
一個月過後，貪婪的獸族已經全部變種了，它們將地球同胞統統殺死，憤怒的火焰在我心中熊熊燃燒，我帶領著剩餘的人類和宇宙和平組織的所有駐軍向獸族發起總攻。我們的運輸機遭到敵人的阻擊，士兵全部散降在太平洋裡，我和凱帶領著一大支軍隊乘著軍艦向大陸駛去，突然間，我們面前出現了一個未知的生物，他足足有100米高，全身被盔甲所覆蓋，血紅的眼睛，長長的獠牙，只見從他嘴裡爬出一隻巨大的蟲子，它一口將一個士兵吞了下去，原來那是那個巨大生物的舌頭，“進攻！”凱大吼道。與此同時，所有槍炮一齊開火，槍炮聲震耳欲聾，可那巨型生物一點反應也沒有，怎麼辦，它正向我們走來，同時引起了巨大的海嘯，我們被海嘯吞沒了，可並沒有死，在海裡，我們被另一種未知生物所救。當我來到它們基地時，竟然看到傑克和神號官在那裡訓練軍隊，“傑克！”我大吼道。“喂！快來！”傑克衝著我們大喊。我們向他跑去……後來我才知道救我們的也是獸族，但它們在變種的過程中能源和邪惡互相抵消，才成為現在這模樣。它告訴我們敵人的基地以及一些重要的信息，我們立即把這一情報報告給了和平組織，和平組織從WZY星球派來的代號為“劈迪特”的士兵兩億名，加上我們的士兵一共是4億5千萬人。終於，反擊的時候到了，我們咬著牙，握著手裡的武器出發了。
3萬架輕型運輸機裝載幾千萬名裝甲步兵，在25000架隱形戰機掩護下空降，5萬架重型運輸機將重型坦克運到離敵人5000米的地面上。只見那到處是懸崖絕壁、地勢險峻，許多運輸機墜入深淵。當前線部隊全部到達陣地時，我們向敵人發起了猛攻，“衝啊！為了地球！衝啊！為了我親愛的家鄉！衝啊！”我們狂叫著向敵人衝去。“劈迪特”士兵用它那長在手上的激光劍不斷地向敵人刺去，只見獸族一個挨一個地倒下，空氣中到處瀰漫這血腥味……經過一場惡戰，敵人狼狽而逃，我們衝進敵人的基地，準備活捉獸族統帥，當我們衝進敵人的主控室，看到的是一個熟悉的身影“凱！”傑克大叫起來。只見凱背上慢慢地長出了什麼東西“快回來！傑克，那不是凱！”我大叫起來。突然間，凱變成了一個巨大的怪獸，“那就是獸族統帥，凱一定是它殺的！衝啊！弟兄們！”神號官大吼道。我們奮不顧身地衝上去，可我們根本不是它的對手，他簡直就是刀槍不入！這時，傑克抱著一顆液態氫彈向它衝去，傑克憤怒吼著“去死吧！惡魔！”“不要啊！傑克！不要！”我哭著大喊。“轟——”的一聲，傑克犧牲了，可獸族統帥卻沒死，這時，所有“劈迪特”組成了一個巨大的“超級劈迪特”它懷著滿腔怒火，將獸族統帥帶到空中，然後引爆了自己，和獸族統帥一同消失了。懷著沉痛的心情，我把傑克和凱安葬了，這時，火紅的初陽從東方冉冉升起。
4050年，獸族加入宇宙和平組織，而這時的獸族和從前的大不一樣，我從中認識了一個叫“凱”和一個叫“傑克”的獸類，我每看見他們，就會想起凱和傑克……